مطالعات مغز و سیستم عصبی در ایران دارای پیشینه ای پرافتخار است. بنا بر اسناد موجود مطالعه مغز و سیستم عصبی و همچنین معالجه بیماریهای سیستم عصبی در ایران زمین از سابقه دیرینه ای است. طی قرون وسطی و سالهای پرافتخار و درخشان شکوفایی علمی ایران اسلامی علوم اعصاب نیز بعنوان یکی از شاخه های طب مورد توجه دانشمندان بزرگ ایران زمین بود. دانشمندانی چون زکریای رازی، ابن سینا، علی ابن عباس اهوازی (مسعودی)، ابن هیثم و دیگر دانشمندان با بررسی های دقیق و هوشمندانه خود برگهای زرینی را در تاریخ علم رقم زدند.
همزمان با پیشرفتهای نوین سه دهه اخیر علوم اعصاب در دنیا، دانشمندان کشورمان نیز از این قافله عقب نمانده و در طی سه دهه گذشته با تحقیقات خود در جهت پیشرفت این دانش در کشور گام برداشه اند. اساتید گرانقدر کشورمان در دانشگاههای مختلف مانند دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی ( دکتر خسرو پارسا و همکاران در بیمارستان شهدای تجریش، خانم دکتر فرشته معتمدی و همکاران ایشان در گروه فیزیولوژی و مرکز تحقیقات علوم اعصاب …)، دانشگاه علوم پزشکی تهران (دکتر محمد رضا زرین دست، دکتر احمدرضا دهپور و همکاران در گروه فارماکولوژی، و همچنین اساتید بیمارستان روزبه …)، دانشگاه علوم پزشکی ایران (دکتر محمد تقی جغتایی و همکاران در گروه آناتومی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دکتر مسعود محمودیان و همکاران در گروه فارماکولوژی…)، دانشگاه تربیت مدرس (دکتر سعید سمنانیان و همکاران)، دانشگاه تهران (دکتر وهاب باباپور و همکاران در دانشکده دامپزشکی، پروفسور کارلوس در دانشکده فنی …)، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، دانشگاه علوم پزشکی سمنان، دانشگاه علوم پزشکی اهواز، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، پژوهشگاه دانشهای بنیادین، پژوهشکده علوم شناختی، دانشگاه تربیت معلم و سایر دانشگاههای کشور، با پژوهش و همچنین آموزش دانشجویان تحصیلات تکمیلی نقش بسزایی در موقعیت افتخار آمیز کنونی ایران در حوزه علوم اعصاب داشته اند. در این میان شایسته است که بویژه از تلاشهای سرکار خانم دکتر فرشته معتمدی در آموزش و پژوهش حوزه علوم اعصاب و همچنین شناساندن تحقیقات حوزه علوم اعصاب ایران در مجامع بین المللی همانند سازمان جهانی تحقیقات مغز (IBRO) و فدراسیون علوم اعصاب آسیا و اقیانوسیه (FAONS) یاد کنیم.
در سال 1391 با تلاشهای جناب آقای دکتر محمد تقی جغتایی، درخواست تاسیس انجمن علوم اعصاب ایران توسط ایشان و هیئت موسس متشکل از اساتید دانشگاههای مختلف کشور به کمیسیون انجمنهای علمی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی ارسال گردید. هیئت موسس انجمن متشکل از دکتر محمد تقی جغتایی،دکتر فرشته معتمدی، دکتر سعید سمنانیان، دکتر ناصر نقدی، دکتر عباس حق پرست، دکتر علی یونسی، دکتر محمد رضا دلیری، دکتر علی رشیدی پور، دکتر وحید شیبانی و دکتر علی شهبازی بودند. درخواست تاسیس انجمن در خرداد ماه سال ۱۳۹۱ به کمیسیون انجمنهای علمی وزارت بهداشت و درمان ارائه گردید. این کمیسیون در شهریور ماه سال ۱۳۹۱ با تاسیس انجمن علوم اعصاب ایران موافقت نمود.
اولین فراخوان ثبت نام عضویت در انجمن همزمان با اولین کنگره علوم اعصاب پایه و بالینی در آبانماه 1391در سالن همایشهای رازی تهران داده شد و غرفه انجمن میزبان شرکت کنندگان در کنگره و ثبت نام آنان بود. اولین مجمع عمومی و انتخابات اولین هیئت مدیره پس از آگهی در روزنامه رسمی در تاریخ 24 بهمن ماه 1391 در مرکز همایشهای بین المللی رازی دانشگاه علوم پزشکی ایران با حضور بیش از نود نفر از اعضای انجمن برگزار گردید. دومین مجمع عمومی در تاریخ 28 آذر ماه 1392 همزمان با کنگره BCNC در سالن همایش های رازی تشکیل شد.
اولین جلسه هیئت مدیره انجمن در تاریخ 8 اسفند ماه 1391 در مرکز تحقیقات سلولی مولکولی دانشگاه علوم پزشکی ایران برگزار گردید.
پروانه فعالیت انجمن توسط کمیسیون انجمنهای علمی وزارت بهداشت در تاریخ 28 اردیبهشت ماه 1392 بنام آقای دکتر محمد تقی جغتایی بعنوان اولین رییس انجمن صادر گردید.
